創立香港魚類學會，是本會創立人莊棣華早在1980年代就有的理念，他於1974年由日本返港後，在1980年代初開始考察香港之魚類相，研究本港陸地、沿岸至大陸棚之淡水、鹹淡水及海水魚類之分類（Taxonomy）、地理（Biogeography）及進化（Evolution），有見香港自然、文化及社會環境具有豐富研究及學習條件，因而有了組織香港魚類學會的構思。

近年，隨著社會進步和土地開發，很多環境問題令綠色團體的活動增加，而香港的魚類相在大學、政府機構和魚類研究工作者的努力下，逐漸得到解明；加上政府漁農自然護理署（A.F.C.D.）和各民間學者的有關自然生態書籍的出版，令環保意識和知識逐漸普及。香港魚類學會在社會環境日趨成熟的大前提下，由本學會會長莊棣華先生的帶動，在「旅行家」和來自社會各界志同道合之朋友的支持下，終於實現了莊先生早於1980年代萌芽的理念，於2008年9月1日正式註冊為一非牟利機構。